سلام.
warning مهمی نیست. میگه معماری محاسباتی sm2. , sm21 در آینده ساپورت نخواهد شد (این معماری ها برای نسخه های قدیمیتر cuda هستن و خطایی در کدهاتون ایجاد نخواهند کرد و جای نگرانی نداره)
اما اروری که دارید مهمه و مربوط به کتابخونه hdf5 هستش. احتمالا از نسخه ubuntu 16 استفاده میکنید. توی فایل Makefile.config خط زیر رو به شکل زیر تغییر بدید:
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
اگه از cuda8 استفاده میکنید خط زیر رو هم انجام تغییر بدید:
CUDA_DIR := /usr/local/cuda-8.0
برای توضیحات بیشتر و کاملتر توصیه میکنم برای نصب caffe مراحل گفته شده در لینک زیر رو انجام بدید تا به مشکل نخورید:
https://github.com/BVLC/caffe/wiki/Ubuntu-16.04-or-15.10-Installation-Guide