سلام.
سوال واضح نیست یعنی چی ارتباط بین مدل و دیتا؟ شما خیلی راحت لایه یا لایه های اخر مدلتون رو تغییر میدید بعد prototxt نهایی رو سیو میکنید و در بخش لایه Data هم مسیر دیتاست جدید رو مشخص میکنید. و بعد استارت میزنید ترینینگ رو .
شیوه فراخونی هم در سایت گفته شده و بصورت زیر مثلا ران میکنید :
"%BIN%/caffe.exe" train --solver=examples/test/test_solver.prototxt --weights=examples/test/ResNet-50-model.caffemodel