سلام .
برای لینوکس هم هیچ مشکلی ندارید خیلی راحت میتونید همه کارهایی که در ویندوز میکنید در لینوکس هم انجام بدید.
convert_imageset هم در ویندوز اگر با ویژوال استودیو کامپایل کرده باشید تو پوشه Release قرار داره . اگر با cmake کامپایل کنید در پوشه tools در داخل پوشه build قرار داره (در لینوکس هم به همین صورته) .
دستورات هم همه در cmd یا bash اگر درلینوکس هستید وارد میکنید .
(در مورد لینوکس هم پیشنهاد میکنم کلا ubuntu 14 نصب کنید بجای 16 مگه اینکه دلیل خاصی داشته باشید. پشتیبانی 14 خیلی بهتر از 16 هست و اگر مشکلی به مشکلی بر بخورید به احتمال زیاد با یه سرچ بتونید حلش کنید )