با سلام و درود
folder
----- dataB.mat
rootfolder
---- main.py
---- dataA.mat --- subfolder
فرض کنیم شما می خواید از داخل فولدر folder که در کناره فایل main.py شما (فایلی که دارین توش کد میزنین) هستش.
اونوقت میتونید اینجوری فایل رو بخونید.
----main.py----
import scipy
dataA = scipy.io.loadmat('./subfolder/dataA.mat')
dataB = scipy.io.loadmat('../dataB.mat')