سلام
من سعی میکنم مرحله به مرحله توضیح بدم. فایل whl رو باید با دستور pip install scipy.whl نصب کنید. به جای scipy.whl اسم کامل فایلی که گرفتید رو بزارید و دستور رو در ترمینال بزنید. اگر از پایتون 3 استفاده میکنید و ممکنه دستور درست برای شما pip3 install باشه.
برای بازکردن فایل با فرمت .mat در پایتون اول باید ماتریس رو در متلب با ورژن ذخیره کردن 6 ذخیره کنید. برای این کار در دستور Save متلب عبارت "v6-" رو اضافه کنید.
بعد توی پایتون کتابخانه scipy.io رو اضافه کنید و با استفاده از دستور loadmat ماتریس مورد نظر خودتون رو باز کنید و متغیر ذخیره شده رو از توش بخونید. مثلا از فایل mat1.mat متغیر var1 به شکل زیر خونده میشه.
import scipy.io as scio
mat = scipy.io.loadmat('mat1.mat')
var = mat[var1]
این متلب میتونه مفید باشه.
link to the same problem in stackoverflow